Ainda como parte da transição do sistema de saúde implantado, a Lei Federal nº 8.689/1993 extingue o INAMPS e cria o Sistema Nacional de Auditoria – SNA, conforme previsto no inciso XIX do art. 16 e o § 4º do art. 33 da Lei Federal 8080 de 19 de setembro de 1990, com a competência de realizar de forma descentralizada a avaliação técnico-científica, financeira e patrimonial do Sistema Único de Saúde-SUS. O SNA foi regulamentado por meio do Decreto Federal nº 1.651/95 que estabelece sua organização junto ao SUS nos três níveis de governo, sem prejuízo da fiscalização exercida por outros órgãos de controle interno e externo.
O Componente Estadual do SNA na Bahia foi instituído em 1995, através da Lei Estadual n° 6.812 /1995 e n° 7.306/1998, regulamentada pelo Decreto estadual n° 7.884/2000, quando foram criados, de forma pioneira no país, 50 cargos de auditores em saúde pública nas funções: médico, enfermeiro, odontólogo e contador. Posteriormente, em 2006, houve ampliação para 147 cargos, com inclusão do farmacêutico e modificação do cargo de auditor contábil para auditor financeiro, o qual integra profissionais com formação em administração, economia e ciências contábeis.
Em 2009 a Auditoria/SUS/Bahia aderiu ao Sistema Informatizado de Suporte a Auditoria SISAUD/SUS conferindo maior controle aos processos de trabalho. Isso foi um avanço na modernização, socializando informações, maior controle e integração dos componentes do SNA.
Recentemente o Decreto Federal nº 7.827/2012 que regulamenta a Lei Complementar nº 141/2012 reafirmam a importância das recomendações das auditorias realizadas para verificar o cumprimento das normas do SUS, planos de gestão dos municípios bem como a veracidade das informações constantes dos Relatórios de Gestão.