A criação da Secretaria de Infra-Estrutura foi autorizada após a extinção das Secretarias de Energia, Transportes e Comunicações e Recursos Hídricos, Saneamento e Habitação com a Lei nº 7.435 de 30 de dezembro de 1998, que modificou a organização e estrutura das Secretarias Estaduais.
Por força desta lei a Secretaria de Infra-Estrutura absorveu - o Derba, Agerba e a Bahiagás - entidades da administração indireta, exceto a URBIS, que passou para a Secretaria do Planejamento, Ciência e Tecnologia. Com a promulgação da Lei n° 7.936, de 09 de outubro de 2001, houve a alteração de 02 (dois) para 03 (três) o limite de Superintendências para a SEINFRA.
Foi então criada a Superintendência de Transportes, que tem por finalidade planejar, coordenar, supervisionar, acompanhar e avaliar a política de transportes do Estado, bem como promover e articular a integração dos diversos modais de transportes, envolvendo os setores públicos e privados.